1.FAT32与FAT16同为文件系统的一种：
FAT32是针对FAT16而言的，和FAT16一样都是File Allocation Table文件系统的一种，可以简单地理解为32位和16位的区别。
2.FAT32比FAT16支持管理更大的磁盘空间：
(1)FAT16每个分区在WIN9X/DOS下最大只可以支持2GB，也就是说大于2GB的要分成多个分区，后来由于WIN2000的出现，FAT16得到了扩展(也称为VFAT)，最大可支持的容量由2GB增加到了4GB。
(2)FAT32每个分区最大可以支持2TB(2048GB)以上。
3.在相同分区大小时，FAT32下每个簇的所占空间大小比FAT16下的簇小：
分区大小 FAT16簇大小 FAT32簇大小
16MB-32MB 2KB 不支持
32MB-127MB 2KB 512bytes
128MB-255MB 4KB 512bytes
256MB-259MB 8KB 512bytes
260MB-511MB 8KB 4KB
512MB-1023MB 16KB 4KB
1024MB-2047MB 32KB 4KB
2048MB-8GB 不支持 4KB ----->(在VFAT下,2G-4G的簇大小为32KB)
8GB-16GB 不支持 8KB
16GB-32GB 不支持 16KB
32GB以上 不支持 32KB
这个“簇”对我们非常重要，由于文件是以簇的方式存放在磁盘的，也就是说不管一个文件在这个簇里的数据是填满，都不能在存放其他文件的数据。
如：一个1KB的文件
分区大小 FAT16占空间大小 FAT32占空间大小 少占空间大小
512MB-1023MB 16KB 4KB 12KB
1024MB-2047MB 32KB 4KB 28KB
2048MB-4GB 32KB 4KB 28KB
4GB-8GB 不支持 4KB --
8GB-16GB 不支持 8KB --
简单的说: FAT32比FAT16节省空间。
4.读写速度问题：
由于FAT16可以支持的簇的总数比FAT32少很多，所以，在文件寻址方面,FAT16比FAT32要快，特别在速度慢的系统下，如主机频率低，磁盘速度慢(例如使用所谓的低速棒)等,会有比较明显的差异。
从上述可以有以下结论：
(1)FAT32比FAT16支持更大的磁盘，如果你是用4G以上的记忆棒，应该用FAT32。
(2)FAT32比FAT16节省空间，特别是如果你的文件数量很多且文件字节数很小的时候，FAT16会浪费很多空间。
(3)除非你的记忆棒是低速的(读在6以下的)，否则FAT16的速度优势完全可以忽略。
